مؤسس انجمن مخفى دوم جناب آقا میرزا محمدصادق طباطبایى است. آقاى طباطبایى برخلاف هر دو [بهبهانى و صدرالعلما] رفتار خود را قرار داده، نه جلب خواص را طالب و نه میل عوام را مایل، فقط سعى و كوشش خود را در تأسیس مجلس عدالت‌‌خانه مى‌‌پندارند… به واسطه بودن بعض از اعضاى اولیه در این انجمن مى‌‌توان گفت این انجمن شعبه‌‌اى از آن انجمن است. نگارنده مى‌‌نویسد انجمن دوم، مجملاً این انجمن بعد از مراجعت آقایان از حضرت عبدالعظیم(ع) به طریق خفا منعقد گردید و در هفته یك یا دو جلسه شب‌‌ها به طور سیار تشكیل مى‌‌یافت و اعضاى آن از این قرار است: آقا میرزا محمد صادق طباطبایى، آقا میرزا مهدى پسر حاج شیخ فضل الله، آقا میرزا محمود اصفهانى، اسدالله خان ابوالفتح زاده، سیف الله خان ابوالفتح‌‌زاده قزاق برادر اسدالله خان… ناظم الاسلام نگارنده / همان مرجع، ج 1، صص 463 و 464.

 «… وقتى كه روزنامه حبل‌‌المتین در تهران انتشار یافت اشخاصى كه مطلع شدند بر این‌‌كه نویسنده آن مقاله به طور بى غرضى و اطلاع معلومات خود را روى كاغذ آورده است، او را دعوت كردند به انجمن سرّى… .» / همان مرجع، صص 469 و 470.

 «… بعض از اجزا انجمن روزنامه حبل‌‌المتین را در دست گرفته بر مردم قرائت مى‌‌نماید… .» / همان مرجع، ص 514.

 «… جمعى از اعضاى انجمن مخفى در بین مردم افتاده به آن‌‌ها مى‌‌گویند عزل عین الدوله را استدعا نكنید چه امروز اگر او را عزل كنند شش ماه دیگر باز او را منصوب مى‌‌كنند، مجلس بخواهید كه با بودن مجلس دیگر نه عین‌‌الدوله مى‌‌ماند و نه غیر عین‌‌الدوله…» / همان مرجع، ص 534.

 راجع به تأسیس انجمن مخفى ثانوى ناظم‌‌الاسلام كرمانى چنین مى‌‌نویسد: «بعد از رفتن آقایان به قم انجمن مخفى اول كه فقط همّشان مصروف ترویج معارف و علوم و تشویق از مدارس و مكاتب بود موقوف گردید و اجزاى آن پراكنده و متفرق شدند. پس از مراجعت آقایان جناب آقا میرزا محمدصادق پسر دومى آقاى طباطبایى را ملاقات نموده، گفتم: آقاى من، ما امروز بیشتر از سابق محتاجیم به انجمن، چه ما سابق مقصود را فقط مذاكره از مدارس و معارف مى‌‌دانستیم و در بیدارى مردم و تشویق آنان به معارف و علوم ساعى و جاهد بودیم… پس بیایید انجمنى تشكیل كنیم مخفى كه شب‌‌ها منعقد گردد و كار اجزاى انجمن، فقط نظارت در امر مجلس و جلوگیرى از مفاسد باشد. بالاخره جناب آقا میرزا محمدصادق قبول نمود و انجمن تشكیل یافت…» / همان مرجع، ج 1، صص 580 و 581.

 «چهارشنبه هفتم شعبان 1324 ق، بعضى از متمولین و تجار پولدار، بناى روه و تعارف را در كار گذارده‌‌اند. ارباب جمشید پول به بعض آقایان داده است. حاجى معین بوشهرى هم به بعض اشخاص پول داد. از آن جمله به انجمن مخفى ما هم چیزى داد كه جناب آقا میرزا محمدصادق گرفته و میل فرمودند… عمده خرابى كار اهل ایران، همین رشوه و پول است. این دادن پول، به اجزاى انجمن مخفى یك امر خرابى انجمن و تفرقه اعضاى آن است…» / همان مرجع، ج 1، ص 626.

 اسماعیل رایین درباره این انجمن مى‌‌نویسد:

 «در پنجم ذیحجه 1322 مطابق با فوریه 1905 گروه دیگرى به نام «انجمن مخفى« تشكیل شد. اعضاى این جمعیت را نیز اكثر افراد طبقه روحانى تشكیل مى‌‌دادند و از جریان تأسیس آن كه به وسیله ناظم‌‌الاسلام كرمانى نوشته شده چنین برمى‌‌آید كه جمعیت مزبور داراى دو هدف مبارزه با فساد و نفوذ بیگانگان بوده است. در جلسات اولیه این گروه جدیدالتأسیس یادداشت‌‌هاى سیاحت‌‌نامه ابراهیم بیك و مقالات روزنامه حبل‌‌المتین خوانده مى‌‌شد و قرائت این مقالات كه معرف ترقى كشورهاى دیگر در زمینه‌‌هاى مختلف بود، هیجان زیادى در حضار برانگیخت و تمام اعضا بر این عقیده بودند كه علت عقب افتادگى ایرانیان بر اثر جهالت و نقص تعلیم و تربیت مى‌‌باشد.

 در جلسه دوم محرم (1323ق / 1906م) از جمعیت مزبور رسماً تقاضا شد كه مجموعه قوانین جامعى مشتمل بر وظایف وزرا و حكام، حقوق و وظایف كلیه طبقات مردم و همچنین بیگانگان تدوین شود. البته قبلاً هم این احتیاج از لحاظ داشتن قوانین امروزه در دوره میرزا ملكم‌‌خان حس گردیده بود، ولى فكر تدوین آن به وسیله انجمن‌‌هاى مخفى بین مردم شیوع پیدا كرد. از صورت جلسات انجمن مخفى كه در كتاب تاریخ بیدارى ایرانیان ذكر شده معلوم مى‌‌شود كه ترس از استبداد و نفوذ دولت‌‌هاى بیگانه به‌‌خصوص روس و انگلیس و اعتقاد به اصلاح فرهنگ از مهم‌‌ترین مسائل مورد بحث بوده است.

 در جلسه 21 محرم 1323ق / 28 مارس 1905 ذوالریاستین یكى از اعضاى انجمن مخفى ادعا نمود كه حضرت امام حسین(ع) نخستین نمونه فداكارى انجمن‌‌هاى مخفى بوده است. در همین جلسه مواد اساسنامه به وسیله مرحوم ذوالریاستین قرائت و طى آن اعلام گردید كه كلیه اقلیت‌‌هاى مذهبى نیز در صورتى كه ایرانى‌‌الاصل باشند، مى‌‌توانند عضو انجمن باشند و بر طبق ماده 14 اساسنامه مزبور فعالیت انجمن در تحت لواى حضرت امام عصر[ع] آغاز خواهد شد.

 در هفتم صفر 1323 مطابق با 14 آوریل 1905 مرحوم ذوالریاستین رسماً در برابر مقامات دولتى از دستگاه استبدادى وقت انتقاد نمود. روز 19 صفر 26 / 1323 آوریل 1906 متعاقب این جریان عده‌‌اى از تجار در حضرت عبدالعظیم بست نشستند. علت تحصن تجار نارضایتى طبقات مردم از دستگاه گمرك و رئیس بلژیكى آن (مسیو نوز) بود.

  … تحصن‌‌كنندگان تقاضا نمودند:

 1. قانون اساسى تدوین گردیده، عدالت‌‌خانه به نام وزارت عدلیه تأسیس شود.

 2. در موضوع مالكیت و تحدید مالكیت‌‌هاى بزرگ و ثبت املاك تجدید نظر شود.

 3. مالیات و عوارض طبق موازین عدل و انصاف از مردم وصول شود.

 4. وظایف و اختیارات حكام ایالات روشن گردد.

 5. تجارت داخله تشویق و اصلاح شود.

 6. اداره گمرك از وجود عناصر ناصالح تصفیه گردد. همچنین در سایر مواد این اعلامیه تقاضا شده بود، كه در سراسر مملكت مدارس حرفه‌‌اى و فنى تأسیس شده و از معادن بى‌‌شمار مملكت بهره‌‌بردارى شود. وظایف وزارت امور خارجه روشن و معلوم گردد و نیز بر طبق شرع اسلام حدود اختیارات وزرا و اشخاصى كه بر جان و مال مردم حكومت مى‌‌كنند، تعیین شود.

 جلسات انجمن مخفى پس از اعلامیه مزبور باز هم ادامه پیدا نمود و تصمیم گرفته شد نماینده‌‌اى درهر یك از شهرها و ایالات مملكت انتخاب و منصوب شود تا بتوان نظریات و منویات اصلاح‌‌طلبانه انجمن را در بین مردم توسعه داد. شكى نیست كه فعالیت‌‌هاى این انجمن در بروز انقلاب مشروطیت ایران و آگاهى مردم از علل مفاسد و بدبختى و فساد و جهل و نكبت سهم بسزایى داشته است.

 این انجمن در 11 مه 1905 (پنجم ربیع‌‌الاول 1323) تشكیل جلسه داده و به اتفاق آرا تصمیم گرفتند در مدت غیبت مظفرالدین‌‌شاه و مسافرت او به فرنگستان اعضا را مأمور نمایند تا مردم را علیه دستگاه حكومت و ظلم برانگیزند. همچنین كارگردانان انجمن تصمیم گرفتند در هر یك از شهرها یك نماینده تعیین كنند تا تبلیغات سیاسى خود را در میان مردم انتشار دهند. با وجود آن‌‌كه انجمن مذكور چنین تصمیمى گرفته بود، ناظم‌‌الاسلام كرمانى توضیح داده كه «اقدامات انجمن گمراه‌‌كننده است و نتیجه اعمال آن در انقلاب مؤثر نیست. ولى آنچه به نظر مى‌‌رسد این است كه اقدامات و تصمیمات این انجمن و سایر انجمن‌‌ها وسیله مهمى براى ایجاد نارضایتى‌‌هاى مداوم مى‌‌باشد.»

 در ظرف چند ماه بعد كه انجمن مشغول اقدامات خود بود،  عوامل بسیارى باعث ازدیاد نارضایتى‌‌هاى عمومى گردید كه در میان آن‌‌ها مسئله عدم رضایت و اقدامات مؤثر و عمیق علیه مسیو نوز بلژیكى رئیس كل گمركات مهم‌‌تر از سایر مسائل بود. / انقلاب ایران (براون)، ص 112.

 در همین ایام در كرمان ظفرالسلطنه، حاكم مستبد این ایالت، عملیاتى مرتكب شد كه دامنه اغتشاش و ایستادگى در برابر دولت را در این سامان وسیع‌‌تر كرد. او، حاجى میرزا محمدرضا را كه یكى از روحانیان بانفوذ مذهبى بود، فلك كرد. در قزوین وزیر اكرم حاكم مستبد با یكى از ملاها رفتارى ناپسند نمود و نارضایتى عمومى به وجود آورد. اقدامات خودسرانه و بدرفتارى‌‌هاى شعاع‌‌السلطنه (تاریخ مشروطه ایران، ص 54). حاكم فارس در این استان نیز باعث بروز حوادث نامطلوبى گردید. در آذربایجان محمدعلى میرزاى ولیعهد به مردم ظلم مى‌‌كرد و زور مى‌‌گفت. در تهران با تخریب مدرسه مذهبى كه در مجاورت بانك استقراضى روس قرار داشت و واگذارى این محل براى توسعه بانك مذكور، زمینه وسیعى براى هیجان عمومى و آغاز انقلاب گردید. آخرالامر وقتى كه علاءالدوله حاكم تهران عده‌‌اى از تجار را توقیف و به بهانه این‌‌كه آن‌‌ها قیمت شكر را گران كرده‌‌اند تحت فشار قرار داد و یكى از آن‌‌ها را به چوب بست، عده‌‌اى از تجار به مسجد شاه پناه آوردند و در آن‌‌جا بست نشستند. بلافاصله آقایان سید عبداللَّه بهبهانى و سید محمد طباطبایى و آقا سید جمال‌‌الدین كه عده كثیرى هواخواه آن‌‌ها بودند با متحصنین همصدا شدند. ولى بر اثر تحریك امام جمعه تهران متحصنین اجباراً از شهر خارج شده در شاه عبدالعظیم بست نشستند و سپس گروه كثیرى از ملایان، تجار و اصناف مختلف به آن‌‌ها ملحق گردیدند.

 درخواست متحصنین، خلع علاءالدوله حاكم تهران و عزل مسیو نوز بلژیكى و تشكیل وزارت  عدلیه بود. شاه ناچار این تقاضاها را قبول كرد و روز 16 ذیقعده 13(1323 ژانویه 1906) متحصنین به شهر مراجعت كردند. / تاریخ بیدارى ایرانیان، ص 24.

 در همین موقع در انجمن سرّى انشعابى پیش آمد و ظاهراً به دو دسته تقسیم شد كه هر یك از آنها جداگانه عملیات خود را انجام مى‌‌دادند.

 یك انجمن مخفى دیگر نیز توسط میرزا محمد صادق طباطبایى كه یكى از پسران سید محمد طباطبایى بود تشكیل شد. ناظم‌‌الاسلام كرمانى مى‌‌نویسد: «گرچه این انجمن جدید تا حدودى یكى از شعب انجمن اصلى بود و عده‌‌اى از انجمن اصلى منجمله خود او هم در آن عضویت داشتند، با این حال مقصود اصلى تشكیل دهنده انجمن دوم این بودكه یك هیئت مستقل به‌‌وجود آید.» نویسنده چنین توضیح مى‌‌دهد: «چون بعضى از مواد مرام این انجمن مخالف انجمن اصلى بود، لذا نام آن را انجمن مخفى ثانوى مى‌‌گذارم.» این انجمن هفته‌‌اى یكى دوبار مخفیانه تشكیل مى‌‌شد.

 با وجود انشعاب و دودستگى، انجمن اصلى به عملیات خود ادامه داد و چند نفرى از كارگردانان آن بازداشت شدند ولى به علت عدم انجام وعده‌‌هایى كه شاه به متحصنین داده بود، در محرم 1324 موج نارضایتى به اوج خود رسید و اعتراضات شفاهى به صورت اوراق شبنامه درآمد و همه‌‌جا پخش شد. سید جمال‌‌الدین واعظ و سایرین از روى منابر شروع به مخالفت علنى با درباریان مستبد نمودند. به دستور دولت سید جمال از تهران تبعید و اخراج شد. او به قم رفت و در آن‌‌جا متحصن گردید. هنگام بروز اغتشاشات اولیه دو طلبه كشته شدند (ربیع‌‌الثانى 1324 / ژوئن 1906). این حادثه سبب تهییج عمومى و ایجاد غوغاى بیشترى بین مردم شد. بار دیگر عده‌‌اى از ملاها، تجار، پیشه‌‌وران و دستجات دیگر در مسجد جامع متحصن شدند ولى این بار نیز در جمادى‌‌الاول 1324 مجبور به مهاجرت به قم شدند، در حالى كه گروه زیاد دیگرى در سفارت انگلیس متحصن شدند.

 پس از حركت ملاها و سایرین به قم، انجمن مخفى اصلى متلاشى شد و اعضاى آن متفرق گردیدند. این انجمن اقدامات خود را به منظور بیدار ساختن مردم و جلوگیرى از سیه‌‌دلى و تبهكارى حكومت مستبد و خودمختار فوق‌‌العاده توسعه داد زیرا توسعه افكار روشنفكران و ترغیب مردم به ایجاد مدارس جدید یكى دیگر از عملیات این انجمن بود. در ماه ژوئن 1906 كه مبارزه براى جلوگیرى از خودمختارى و اعمال جابرانه دولت‌‌ها شدت یافت، اعضاى انجمن مخفى هیچ‌‌گاه براى تهیه مراكز فعالیت علیه دستگاه جابر و ظلم فعالیتى نمى‌‌كردند، شاید هم اعضاى این انجمن فكر مى‌‌كردند كه چنین اقداماتى لازم نباشد و آن عده از اعضا هم كه مى‌‌خواستند زمینه وسیع‌‌ترى براى عملیات خود به‌‌وجود آورند، ترجیح دادند كه از شركت در آن صرف‌‌نظر كنند و در عوض به طور علنى خود را وابسته به گروه مخالفین حكومت جابر جلوه دهند.

 پس از صدور فرمان مشروطیت، انجمن‌‌ها شكل تازه‌‌اى به خود گرفت. بدین معنى كه از این پس عملیات آن‌‌ها به منظور بیدارى افكار عمومى نبود، بلكه رهبران آن‌‌ها چنین مى‌‌پنداشتند كه باید براى دفاع از آزادى و حقوقى كه به‌‌دست آورده‌‌اند آماده شوند. بدین منظور انجمن مخفى ثانوى جان تازه‌‌اى به خود گرفت و انجمن‌‌هاى متعدد دیگرى كه بیشتر از اعضاى آن‌‌ها مردم عادى و صاحبان حرف بودند، پیدا شدند.

 در سال‌‌هاى 1907 – 1908 این گونه انجمن‌‌ها كه سهم مهمى در دفاع از مشروطیت و آزادى به دست آورده بودند در مقابل استبداد محمدعلى‌‌شاه ایستادند. مبارزات و فعالیت‌‌هاى این‌‌گونه انجمن‌‌ها بودكه در سال 1907 منجر به بركنار شدن محمدعلى‌‌شاه از مقام سلطنت شد. فعالیت انجمن‌‌هاى مخفى و نیمه مخفى نمودارى از افكار كهنه و نو بود كه در بسیارى از موارد موفقیت‌‌هاى جالبى نصیب انقلاب و مشروطیت ایران ساخت. / انجمن‌‌هاى سرّى در انقلاب مشروطیت ایران، صص 176 – 189.