با شروع صدارت امینالدوله در دوره سلطنت مظفرالدین شاه تحولات بنیادینی در ساختار آموزشی و محتوای مواد درسی پدید آمد. مهمترین آنها تأسیس انجمن معارف بود. یکی از وظایف انجمن، تأسیس مدارس ملی و ایجاد وسایل تعمیم معارف نوین تدوین بود.مبدع نظام نوین آموزش میرزا حسن رشدیه بود. او به همراه امینالدوله به تهران آمد و نخستین مدرسه را که در آن روش تدریس الفبای مقطع به کار میرفت و آموزش حروف از روی شکل آنها صورت میگرفت، در تهران تأسیس کرد. همچنین چند مدرسه عالی مانند مدرسه علوم سیاسی (۱۳۱۷ق./۱۸۹۹م.) توسط میرزا حسنخان مشیرالملک و مدرسه فلاحت مظفری به ریاست یک بلژیکی (۱۳۱۸ق./۱۹۰۰-۱۹۰۱م.) در همین دوره تأسیس شد.(تاریخچه معارف ایران، ج۱، ص۴۵۹-۴۶۴)