سید علی‌ خان یا سلطان علی‌ شاه معروف به آقاخان دوم، پسر حسنعلی‌ شاه آقا خان اول بود و در سال 1302 ق. در گذشت و در نجف در صحن حضرت علی‌ (ع) مدفون گردید. در همین سال پسرش محمد شاه معروف به آقا خان سوم متولد 1294 ق. در سن هشت سالگی‌ جانشین پدر خویش و پیشوای‌ فرقه اسماعیلیه گردید.