در تهران نیز میرزا ابوالقاسم قائم مقام فراهانى، صدراعظم را به سردابه‌‌اى برد و در آن‌‌جا او را كشت. در دوره ناصرى هم این سمت را دارا بود. در نیمه ماه ربیع الثانى 1265 ق. كه افواج آذربایجانى علیه میرزا تقى خان امیركبیر شورش كردند، اسماعیل خان قرچه‌‌داغى هم در این امر دخالت داشت كه مرحوم امیركبیر او را معزول و پنجاه هزار تومان جریمه كرد  و قسمتى از همین پول را به مستر هكتر انگلیسى بابت بهاى تفنگ‌‌هاى خریدارى شده از انگلستان پرداخت. / شرح رجال ایران، ج 1، ص 138.

 اسماعیل خان، زبان انگلیسى را خوب حرف مى‌‌زد. بسیار زیرك و باهوش بود. جزو كاركنان و جاسوس‌‌هاى انگلیس در تهران به شمار مى‌‌رفت. در سال 1332 ق. بنابر سفارش انگلیس و با تصویب مرنارد بلژیكى، رئیس خزانه‌‌دارى ایران، به ریاست مالیه سیستان منصوب گردید و پس از چند ماهى مراجعت نمود و ثروت زیادى حاصل كرد. این سفر باعث ترقى او گردید. در نخست‌‌وزیرى حسن وثوق (وثوق‌‌الدوله) و وزارت دارایى حسن مشار (مشاورالملك) در سال 1134 ق. / 1295 خ. ریاست انبار غله گندم تهران را كه شغل مهمى بود، عهده‌‌دار شد و در سال 1335 ق. به دستور كمیته مجازات، كریم دواتگر او را ترور كرد و پس از چند دقیقه درگذشت. وى رویهمرفته مرد بسیار كثیفى بوده است. / شرح رجال ایران، ج 1، ص 134.

 واقعه ترور در گزارش 24 ربیع‌‌الثانى 1335 ق./ 28 دلو 1295 خ. كمیساریاى نمره 6 محمدیه چنین آمده: «ساعت چهار و چهل و پنج دقیقه بعدازظهر میرزا اسماعیل‌‌خان، مدیر انبار غلّه هنگام مراجعت از انبار در نزدیكى ایستگاه راه‌‌آهن حضرت عبدالعظیم در درشكه خود مورد سوء قصد قرار گرفت و كشته شد.

 بلافاصله یك نفر آسپیران و چند پلیس در محل حادثه حضور یافتند و اطلاعات زیر را كسب كردند: «از ساعت 11 صبح دو نفر در این حدود مشغول گردش بودند و مى‌‌گفتند منتظر آمدن مسافرى از خراسان هستند. پس از وقوع حادثه این دو نفر ناشناس دیگر دیده نشده‌‌اند… پلیس تأمینات براى دستگیر نمودن قاتلین دست به كار شد.» / ایران در جنگ بزرگ، ص 417.

 منشى‌‌زاده راجع به كمیته مجازات و میرزا اسماعیل خان اظهار مى‌‌دارد: «هنگامى كه كابینه وثوق‌‌الدوله تشكیل یافت و من از وزارت رانده شدم… ابوالفتح زاده به دلایل بسیارى به من پیشنهاد كرد كمیته  تشكیل داده و جلو اقدامات خائنین كشور را سد نموده… هر چهار نفر یعنى مشكوةالممالك، ابوالفتح زاده، من و كریم شركت كردیم و مذاكراتى بدین شرح با هم نمودیم:

 از كجا باید شروع به كار كنیم؟… چه كسانى باید در درجه اول از میان بروند؟… چه كسانى از همه بیشتر در بدبختى و ذلت مملكت دخیل هستند؟… در وهله اول تصمیم گرفتیم اجتماع و مملكت خود را از وجود این عناصر پلید و خائن پاك و مصفا سازیم. هنگامى كه به اطراف خود نظر انداخته اجتماع را از لحاظ تشخیص عناصر جاسوس و خائن مورد بررسى قرار دادیم، به نام (میرزا اسماعیل خان) مدیر انبار غله، برخوردیم و با اكثر آراء تصویب كردیم كه وى از طرف قوه مجریه كمیته مجازات ترور بشود.» / ایران در جنگ بزرگ، ص 421.

 «عصر روز آخر دلو 1295خ. میرزا اسماعیل‌‌خان رئیس انبار كه با سفارت انگلیس مربوط و یكى از كار چاق كن‌‌هاى وثوق‌‌الدوله بود، البته بعد از دریافت نامه خونین و تعیین ضرب الاجل بعد از ختم كار روزانه با درشكه از انبار بیرون آمده… گرفتار حمله چند نفر شده او را از پاى درآوردند…» / شرح رجال ایران، ج 2، ص 687.